Tuy tại vị không lâu (1907-1916), song vua Duy Tân được đánh giá là người cầu tiến, yêu nước và chống Pháp.

Vua Thành Thái có nhiều con trai, đáng lẽ phải chọn người con trưởng kế vị, nhưng người Pháp sợ một vị vua trưởng thành khó sai khiến nên họ muốn tìm chọn một người nhỏ tuổi. Khi điểm danh thì thiếu mất Vĩnh San. Triều đình cho người đi tìm, thấy Vĩnh San đang chơi đùa, mặt mày lem luốc. Không kịp đưa về nhà tắm rửa, Vĩnh San ra trình diện, người Pháp trông thấy đồng ý ngay vì họ thấy Vĩnh San có vẻ nhút nhát và đần độn. Triều đình cũng đặt niên hiệu cho Vĩnh San là Duy Tân, như muốn hướng tới sự nghiệp không thành của vua Thành Thái.

Để kiểm soát vua Duy Tân, người Pháp cho lập một phụ chính gồm sáu đại thần để cai trị Việt Nam dưới sự điều khiển của Khâm sứ Pháp. Tiến sĩ Ebérhard được đưa đến để dạy học cho vua Duy Tân, nhưng thật ra đó chỉ là hành động kiểm soát nhà vua.

Càng trưởng thành, nhà vua càng bức xúc trước những hành vi ngang ngược của người Pháp. Khi bọn Pháp đào bới khắp nơi để tìm vàng, vua Duy Tân phản đối quyết liệt những hành động thô bạo đó và ra lệnh đóng cửa cung không tiếp ai. Toà Khâm sứ Pháp làm áp lực với nhà vua thì Duy Tân đe đọa sẽ tuyệt giao với các nhà đương cục ở Huế lúc bấy giờ.

Vua Duy Tân.

Năm vua Duy Tân được 13 tuổi, ông đã xem lại những hiệp ước mà Việt-Pháp đã ký. Nhà vua cảm thấy việc thi hành của hiệp ước ấy không đúng với những điều kiện mà hai bên đã ký kết với nhau nên nhà vua tỏ ý muốn cử ông Nguyễn Hữu Bài sang Pháp để yêu cầu duyệt lại hiệp ước ký năm 1884. Nhưng các vị quan nhu nhược lúc bấy giờ không có ai dám nhận chuyến đi đó. Vì thế, không những nhà vua có ác cảm với thực dân Pháp mà còn ác cảm với triều đình.

Năm 15 tuổi, vua Duy Tân đã triệu tập cả sáu ông đại thần Phụ chính, bắt buộc họ phải ký vào biên bản để đích thân vua sẽ cầm qua toà Khâm Sứ, nhưng các đại thần sợ người Pháp sẽ kiếm chuyện nên từ chối không ký và xin yết kiến bà Thái hậu để nhờ can gián nhà vua.

Biết rõ nỗi lòng của nhà vua đang bị “cô lập”, hai nhà yêu nước Trần Cao Vân và Thái Phiên đã gửi mật thư đến vua Duy Tân, ông đã đọc thư và muốn gặp hai người này. Ngày hôm sau, ba người cùng đến câu cá ở Hậu hồ, vua Duy Tân đồng ý cùng tham gia khởi nghĩa. Cuộc khởi nghĩa dự định được tổ chức vào 1 giờ sáng ngày 3/5/1916.

Đêm 2 tháng 5, Trần Cao Vân và Thái Phiên đưa thuyền đón vua Duy Tân. Nhà vua cải trang theo lối thường dân đi cùng hai người hộ vệ là Tôn Thái Đề và Nguyễn Quang Siêu tới làng Hà Trung (nay thuộc xã Vinh Hà, huyện Phú Vang), lên nhà một hội viên Việt Nam Quang Phục hội để chờ giờ phát lệnh khởi nghĩa ở Huế. Nhưng đến 3 giờ sáng vẫn không nghe hiệu lệnh, biết đã thất bại, Trần Cao Vân và Thái Phiên định đưa vua Duy Tân ra cửa Tư Dung để vào phía Nam, nhưng sáng 6/5 thì họ bị bắt.

Mặc dù cả Khâm sứ và Toàn quyền Pháp tại Huế muốn thuyết phục vua Duy Tân trở lại ngai vàng, nhưng ông không đồng ý, sau đó vua Duy Tân bị đày sang đảo La Réunion.

Trong số các con của vua Duy Tân có hoàng tử út Joseph Bảo Quý nhiều lần trở về Việt Nam để tìm lại gia phả, gốc gác, cội nguồn. Lần trở về gần đây nhất (1996), ông quyết định ở lại Việt Nam cùng với vợ là bà Lebreton Marguerite, tại thành phố Nha Trang. Năm 1987, hài cốt của Vua Duy Tân được đưa về mai táng ở An Lăng (Huế), bên cạnh vua cha Thành Thái. Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế cũng đặt tượng đồng vua Thành Thái và Duy Tân tại điện Long Ân (lăng Dục Đức- Huế), nơi thờ tự hai nhà vua.

Ghi nhận lòng yêu nước của nhà vua, hiện nay nhiều nơi có những đường phố và trường học mang tên ông.